В то же время (с 1677 г.) царь Федор Алексеевич обновил и свой каменный верхний терем со всеми церквами, которые находятся на сенях этих хором в связи с собором Спаса Нерукотворенного. Возобновлен был также и этот собор и расписан снаружи, со стороны алтарей, аспидом розными цветами (под мрамор). Над приделом Иоанна Белоградского (ныне Иоанна Предтечи) он надстроил небольшой придел в честь Распятия, украсив его медным вызолоченным иконостасом. Потом, в 1679 г., среди верховых церквей, между храмом Св. Евдокии (который в 1681 г. освящен был во имя Живоносного Воскресения) и между придела во имя Иоанна Белоградского, государь повелел устроить Голгофу, где быть Страстям Господним. В узком коридоре, который разделяет эти церкви, живописец Дорофей Ермолаев сделал алебастровый свод, или пещеру, которую ученики его расписали черепашным аспидом, т. е. под мрамор. В этой пещере, на каменной горе, расписанной также красками, поставлено было на большом белом камне кипарисное Распятие, сохранившееся, кажется, и доныне и вырезанное рельефно старцем Ипполитом – искуснейшим резчиком того времени. Пещера эта была украшена алебастровыми колоннами, на тумбах и наверху с гзымзом; посреди этих колонн, против Голгофной горы, поставлена была плащаница, или Гроб Господень, над которым висели на проволоках 60 алебастровых херувимов, расписанных красками по подобию, с золоченными по гунфарбе нетленными венцами и крыльями (240 крыл). Около Гроба Господня висели также 12 стеклянных лампад, а у стен стояли живописные картины, изображавшие евангельские притчи: Сошествие во ад, Воскресение, Вознесение и «Христос явися Марии Магдалине». Эти картины, писанные на полотнах живописцем Иваном Салтановым, вышиною были по 3 арш., шириною в свету по 13/4 арш. В 1681 г., 12 декабря, государь повелел устроить между новою церковью Распятия и своих деревянных комнат в особой небольшой каменной палатке Вертоград с Господним Гробом. Своды и стены этого Вертограда поручено было обделать мастеру Степану Заруцкому «из алебастроваго камени, цветные, с розными краски». Окончить это дело государь назначил к 10 апреля 1682 г., почему для поспешенья работали даже по ночам, но тяжкая болезнь и потом преждевременная смерть царя (27 апреля), вероятно, остановили и, может быть, совсем прекратили постройку этого Вертограда, потому что в последующее время о нем уже вовсе не упоминается. Церковь Распятия возвышалась в уровень с кровлею Грановитой палаты, так что к ее алтарю был ход с этой кровли.
С другой стороны теремов в 1681 г. перед четвертою теремною комнатою было устроено такое же крыльцо, какое находилось перед Переднею на Каменном дворе. Перед крыльцом была выровнена площадь и на ней поставлены для государя брусяные хоромы в длину 7 саж., поперек 6 саж., на каменных стенках вместо подклетов вышиною в 4 арш. Под четвертою же комнатою в подклете была устроена мыленка. Затем перестроена была церковь Рождества Богородицы. К ней приделали новую трапезу; собрали с нее главы и по сводам выверстали площадь наравне с площадью, которая находилась у терема под новыми хоромами; на этой площади, устроенной таким образом над церковью и над трапезою, построили новый пятиглавый храм во имя Сошествия Святого Духа с небольшим приделом с северной стороны. В этой же местности были произведены и другие перестройки. В 1679 г. государь возобновил также церковь Похвалы Богородицы на новом Потешном дворе, здание которого, сохранившееся доныне, было построено в это же время.
Из больших палат в 1681 г. были возобновлены две набережные: Ответная и Панихидная; последнюю, в которой оказались трещины, связали с лица кругом железными связями; внутри также положили проемные связи; внизу, где тогда же устраивался из старого новый Набережный Нижний Красный сад на особом каменном здании, к этому зданию со стороны Тайницких ворот для подкрепления Панихидной палаты подведен был каменный бык, или контрфорс. Столовая изба и при ней сад, между Средней Золотой и алтарями Спасо-Преображенского собора, были разобраны и на их месте выровнена площадь. Столовая была перенесена в возобновленную Панихидную палату, которая и именовалась с этого времени Столовою. Между церковью Иоанна Предтечи и Колымажными дворцовыми воротами в двух палатах, где были Резные и Столярные палаты, перенесенные в другое место, помещена царская аптека. Потом возобновлены были все палаты Сытного, Кормового и Хлебенного дворцов, по линии от Колымажных до Куретных дворцовых ворот, где теперь Кавалерские корпуса, и построены Новые портомойни в длину на 11 саж., поперек на 3 саж.
По смерти Федора Алексеевича,