Академия организовала новые филиалы и базы. В августе 1943 г. в г. Фрунзе был открыт Киргизский филиал Академии, в феврале 1944 г. Президиум АН СССР организовал Западно-Сибирский филиал, в сентябре 1944 г. база по изучению Севера, работавшая во время войны в Сыктывкаре, была преобразована в Коми научно-исследовательскую базу АН СССР. В ноябре 1943 г. были созданы две новые республиканские академии – Академия наук Узбекской ССР и Академия наук Армянской ССР, в марте 1945 г. начала свою работу Академия наук Азербайджанской ССР.
За годы войны личный состав Академии наук пополнился новыми академиками и членами-корреспондентами. В мае 1942 г. в Свердловске Общее собрание избрало 5 новых академиков. Состоявшееся в сентябре 1943 г. в Москве Общее собрание из брало 36 новых академиков и 58 членов-корреспондентов.
В своем вступительном слове при открытии Общего собрания АН СССР в сентябре 1943 г. академик В. Л. Комаров говорил, что «созыв Общего собрания Академии наук СССР с выборами новых академиков, с постановкой ряда научных докладов в самый решающий период небывалой в истории человечества войны представляет собой факт совершенно исключительного значения».
Среди избранных в академики в 1942–1943 гг. были: по Отделению физико-математических наук – А. И. Алиханов, И. В. Курчатов, А. А. Лебедев и В. И. Смирнов; по Отделению химических наук – А. Е. Арбузов, М. М. Дубинин, А. Н. Несмеянов, В. М. Родионов, И. И. Черняев; по Отделению геолого-географических наук – Д. С. Белянкин, А. А. Полканов, Ф. П. Саваренский, С. С. Смирнов; по Отделению биологических наук – А. А. Заварзин, А. В. Палладин, С. И. Спасокукоцкий, Н. Д. Стражеско, В. Н. Сукачев; по Отделению технических наук – А. А. Благонравов, Н. Г. Бруевич, Б. А. Введенский, Л. С. Лейбензон, А. А. Микулин, Г. П. Передерни, С. П. Сыромятников, С. А. Христианович, Б. Н. Юрьев; по Отделению истории и философии – Б. В. Асафьев, В. А. Веснин, Р. Ю. Виппер, И. Э. Грабарь, С. Н. Джанашиа, С. А. Козин, В. П. Потемкин, А. В. Щусев; по Отделению экономики и права – Н. А. Вознесенский, Л. Н. Иванов; по Отделению литературы и языка – А. Е. Корнейчук, С. Н. Сергеев-Ценский, Л. В. Щерба.
Академия наук продолжала свою работу по подготовке научных кадров. Правда, в 1941–1942 гг. число аспирантов резко сократилось. Большинство аспирантов ушло на фронт, и в 1942 г. во всех учреждениях АН СССР насчитывалось лишь 133 аспиранта. 11 августа 1942 г. Президиум Академии предложил руководителям академических учреждений организовать с 1 октября по 1 декабря прием в аспирантуру. С этого времени аспирантура стала быстро расти. По состоянию на 1 января 1945 г. аспирантура Академии превышала довоенный уровень: к этому времени в учреждениях АН СССР 865 чел. готовились к защите кандидатских диссертаций и 639 чел. – к защите докторских диссертаций.
Как уже упоминалось, план работ Академии был пересмотрен в соответствии с требованиями военного времени. Выполнение новых задач вызвало прежде всего организацию специальных учреждений в системе Академии наук типа комиссий, состоявших из специалистов, для разработки оборонных тем или консультативной помощи.
В сентябре 1941 г. на базе уральской комплексной экспедиции Академия организовала Комиссию по мобилизации ресурсов Урала для обороны страны. Председателем Комиссии был назначен академик В. Л. Комаров, его заместителем – академик И. П. Бардин. В работе комиссии активно участвовало свыше 800 работников науки и техники, около 60 научных учреждений и организаций. Непосредственное участие в работе Комиссии принимали академики А. А. Байков, В. А. Обручев, В. Н. Образцов, А. А. Скочинский, П. И. Степанов, С. Г. Струмилин, Л. Д. Шевяков. Как рассказывал много лет спустя академик Д. И. Щербаков, «академик В. А. Обручев, которому уже в те дни было восемьдесят лет, все свои знания и опыт, все физические и духовные силы посвящает тому, чтобы металлургия Востока получила в достаточном количестве, собственный марганец. Он сам обследует месторождения марганца, спускается в рудники, добивается быстрейшего освоения новых залежей. Его энергии и неутомимости удивлялись молодые. Но мог ли он поступать иначе? Ведь это было необходимо для Родины».
В начале 1942 г. Комиссия по мобилизации ресурсов Урала была преобразована в Комиссию по мобилизации ресурсов Урала, Западной Сибири и Казахстана для обороны страны. Совместно с Институтом металлургии Академии наук Комиссия разработала предложения об использовании в черной металлургии Урала и Западной Сибири марганца восточных месторождений, что позволило улучшить снабжение металлургических заводов марганцем. Комиссия внесла также предложения, касавшиеся увеличения добычи уральских углей выявила новые месторождения огнеупорных глин, оказывала помощь транспорту Урала. Рекомендованный Комиссией топливный режим металлургических заводов Урала обеспечивал экономию дальнепривозных углей. Помогала Комиссия и сельскому хозяйству Урала. Она подготовила труд «О развитии народного хозяйства Урала в условиях войны», удостоенный в 1942 г. Государственной премии.
В июне 1942 г. приступила к работе организованная Академией Комиссия по мобилизации ресурсов Среднего Поволжья и Прикамья на нужды обороны страны. В состав комиссии входили академики Г. М. Кржижановский, А. М. Терпигорев, И. А. Трахтенберг, Е. А. Чудаков, В. Г. Хлопин и другие ученые. Совместно с Институтом горючих ископаемых, Институтом геологических наук и Башкирской комплексной экспедицией Комиссия выработала практические предложения, реализация которых позволила значительно увеличить добычу нефти в районе Второго Баку. Комиссия внесла также ценные предложения по методам регулирования режимов теплофикационных систем, по использованию полимеров крекинг-заводов для олифоварения и т. д.
На нужды обороны родины работали созданные в 1941–1942 гг. Комиссия по противотанковым средствам, Комиссия военной географии, Комиссия аэросъемки и маскировки, Комиссия геолого-географического обслуживания, Морская гидрофизическая лаборатория, Военно-санитарная комиссия.
В работе институтов Академии на первое место были поставлены темы, содействующие обороне, созданию новых видов и типов вооружения и боеприпасов, развитию военной промышленности и транспорта, изысканию замены жидкого топлива, разработке средств и методов лечения и сохранения жизни бойцам, повышению продуктивности сельского хозяйства, развитию пищевой промышленности и т. д.
В 1943 г. в Москве была создана специальная Лаборатория Академии наук, которой руководил академик И. В. Курчатов. Ближайший его товарищ академик А. П. Александров так характеризовал впоследствии деятельность И. В. Курчатова: «Он сам работал во вновь созданных на пустом месте лабораториях, собирал рассеянные по всей стране и на фронтах научные кадры и в то же время этап за этапом продумывал план развертывания новых научных работ, привлечения инженерных сил, перестройки промышленности».
Под руководством академика С. И. Вавилова физики Академии создали ценные оптические приборы для военных целей.
Коллектив Института физических проблем, который возглавлял академик П. Л. Капица, решил вопрос о получении жидкого кислорода в массовом масштабе. 30 апреля 1944 г. Президиум Верховного Совета СССР наградил 30 сотрудников этого научного учреждения орденами и медалями Советского Союза.
Институт общей и неорганической химии освоил процесс получения платины, палладия, родия и иридия, организовал на ряде заводов производство новых жаростойких и высокоомных сплавов, внедрял в производство солевые сплавы – заменители селитр. Институт горючих ископаемых разработал план мероприятий по усилению добычи нефти на Эмбе, проводил исследования, направленные на повышение качества смазочных масел, оказывал помощь угольной промышленности Донбасса, предложил методы экономии цемента. Институт автоматики и телемеханики проводил большую работу в области автоматизации массовых производств. Институт металлургии занимался изысканиями по удлинению сроков службы огнеупорных материалов и по замене дефицитных видов огнеупоров. Своей работой Институт металлургии способствовал увеличению