Поход против гуситов осенью 1422 года окончился поражением; это нанесло серьезный удар по репутации Фридриха, и Сигизмунд решил при первой возможности отомстить своему бывшему соратнику. В это время скончался саксонский курфюрст Альберт, последний представитель саксонской ветви Асканиев, дядя Барбары, супруги старшего сына маркграфа Фридриха. Последний рассчитывал, что его сын станет новым саксонским курфюрстом; это было бы серьезное усиление могущества Гогенцоллернов. Однако именно этого и не хотел допускать Сигизмунд, и 6 января 1423 года он передал лен маркграфу Мейсена Фридриху Воинственному. Последнему досталось и курфюршеское достоинство. Это было судьбоносным решением, сделавшим Саксонию главным соперником Бранденбурга в регионе. Трещина в отношениях бранденбургского маркграфа и его прежнего покровителя в результате еще больше увеличилась.
Тем временем Сигизмунд вступил в переговоры с польским королем, стремясь отвратить его от союза с Бранденбургом. Фридрих в ответ организовал бурную деятельность по укреплению сословной оппозиции Сигизмунду. Он был одним из авторов плана по передаче верховной власти курфюрстам, в коллегии которых император должен был получить лишь совещательный голос. Сигизмунд в свою очередь поддержал противников Бранденбурга, которые в этот момент снова подняли голову, и в феврале 1424 года пожаловал померанским герцогам Укермарк, находившийся в руках Фридриха.
Это был уже открытый разрыв. Попытки примирения провалились. Сигизмунд требовал от маркграфа, чтобы он отказался от поддержки плана «правительства курфюрстов» и от союза с Ягеллонами. Фридрих отказался подчиниться, однако его положение оказывалось все более шатким. Оппозиционный блок в Империи распался; надежды на польское наследство растаяли, когда в октябре 1424 года четвертая супруга польского короля родила ему сына, а затем еще нескольких. Наконец, союз с Польшей распался в тот самый момент, когда Фридрих нуждался в нем сильнее всего.
Весной 1425 года старые противники Бранденбурга — Померания и Мекленбург — возобновили войну. К ним присоединился Тевтонский орден, а затем и Польша. Союзники в Империи не смогли поддержать маркграфа, и Фридрих оказался в очень опасном положении. Враги вторглись в Укермарк и заняли Пренцлау. Когда курфюрст в ноябре 1425 года осадил крепость Фирраден, господствовавшую над переправой через Одер, на выручку осажденным пришла столь сильная вражеская армия, что Фридрих вынужден был поспешно отступить, бросив весь осадный парк.
Это был полный провал, и на ландтаге в Ратенове в январе 1426 года Фридрих передал бразды правления в руки своего старшего сына Иоганна. Сам он отправился в Вену, где собирались курфюрсты и Сигизмунд. В марте при посредничестве имперских князей состоялось примирение маркграфа с королем. Его условия были таковы, что Фридрих был вынужден согласиться на все предъявленные ему требования, в то время как Сигизмунд отказывался от поддержки его баварского противника. В 1427 году были заключены мирные договоры с Померанией и Мекленбургом; хотя Пригниц и Укермарк по большей части оставались в руках маркграфа, конечной инстанцией в вопросе ленных отношений был объявлен император.
С 1426 года курфюрст Фридрих больше не появлялся в Бранденбурге. Остаток своей жизни он провел во франконских владениях, посвящая все силы их управлению, а также делам Империи. Можно сказать, что он вернулся к старой традиции своего дома после того, как его масштабные планы на севере Германии рухнули. Мы видим его на всех рейхстагах активно выступающим за реформу Империи, которая вызывала тогда всеобщий интерес. Особую роль он сыграл в ведении Гуситских войн. Несмотря на то что Фридрих с самого начала был противником политики крестовых походов, он принимал личное участие во всех кампаниях против гуситов, причем в 1427 и 1431 годах в качестве главнокомандующего. В этой роли ему не раз приходилось убедиться в недостаточности имевшихся ресурсов — его армия была невелика численно и в качественном отношении уступала гуситам. У последних был намного более высокий боевой дух и гораздо лучшая дисциплина; со своим простым оружием и вагенбургами они в тактическом отношении намного превосходили устаревшее рыцарское войско в открытом поле, да и за стенами городов чувствовали себя уверенно. Только создание большой дисциплинированной и хорошо обученной наемной армии позволило бы подавить гуситское восстание силой.
Однако для этого нужна была масштабная военная и финансовая реформа Империи, которую в тех условиях провести было невозможно. Когда Фридрих окончательно понял это, он стал настаивать на необходимости заключить с гуситами мир. В 1429 году, когда войско гуситов вторглось во Франконию, Фридрих от имени франконских сословий вел переговоры с их вожаками и в феврале 1430 года заключил с ними договор. Эта ситуация еще сильнее убедила его в том, что путем переговоров можно добиться больше, чем военной силой; ему даже удалось приобрести доверие гуситских вождей. Чтобы надавить на короля и папу, Фридрих стремился ускорить созыв Базельского собора. Однако только катастрофическое поражение при Таусе в 1431 году, когда имперское войско рассыпалось, даже не оказав решительного сопротивления гуситам под командованием Прокопа, сломило сопротивление Сигизмунда и заставило его вступить в переговоры с гуситами.
Последние только в силу ручательства бранденбургского маркграфа согласились направить своих послов в Базель; Фридрих лично взял на себя их защиту. Любая задержка переговоров была ему невыгодна. Поскольку соглашение 1430 года не было продлено, в 1432 году гуситы предприняли новый большой поход, который затронул и территорию Бранденбурга. Хотя войско гуситов было остановлено под стенами крепости Бернау, оно вернулось домой с богатой добычей. В конце концов 30 ноября 1433 года при активном содействии Фридриха были заключены так называемые Пражские компакты. Заслуга бранденбургского курфюрста в установлении мира была несомненной; Сигизмунд был признан королем Богемии. В результате старые дружеские отношения восстановились в полном объеме.
19 декабря 1437 года Сигизмунд умер, и в марте курфюрсты собрались во Франкфурте, чтобы избрать его преемника. Фридрих многим казался вполне подходящим человеком, и действительно, он был не прочь примерить королевскую корону на себя или на одного из своих сыновей. Однако, когда эта надежда не исполнилась, он поддержал Альбрехта Австрийского, зятя Сигизмунда. Этот молодой правитель прожил недолго, и в январе 1440 года Фридрих вновь участвовал в выборах короля. Он поддерживал ландграфа Людвига Гессенского, но избран на престол был Фридрих III Габсбург. Вскоре после этого, 21 сентября 1440 года, курфюрст Фридрих скончался в Кадольцбурге на семидесятом году жизни.