Еще сложнее складывались отношения Шойгу с новой путинской элитой — бывшими сослуживцами Путина по ФСБ, которые взяли верх в новой администрации президента. Авторитетный силовик из ельцинской команды оказался для них естественным противником. Лидером «Единой России» на выборах в Думу 2003 года стал уже не Шойгу, а новый министр внутренних дел Борис Грызлов, совершенно нехаризматичный, но послушный исполнитель, одноклассник директора ФСБ Николая Патрушева. За полгода до выборов, в июне 2003 года, Грызлов начал мощную пиар-кампанию — борьбу с коррупционерами в рядах собственного ведомства. Образ сурового, но справедливого милиционера должен был понравиться избирателям. Разоблаченных сотрудников МВД в прессе называли «оборотнями в погонах». Однако руководителем преступной группы неожиданно оказался вовсе не милиционер, а генерал МЧС, ближайший подчиненный Сергея Шойгу. Зарабатывая предвыборные очки, глава МВД попутно «закапывал» собственного товарища по партии.
Партию трясло. В ней ходили слухи, что арестованный подчиненный Шойгу дал показания против своего босса, более того, признался на допросах, что самолеты МЧС ввозили в Россию наркотики из Таджикистана. Эти слухи остались слухами, но положение министра сильно пошатнулось.
Однако лояльность и терпение помогли Шойгу пережить опалу. Единственным способом не потерять все было сохранение доступа к Путину. И здесь Шойгу смог использовать любовь президента к охоте и экстремальному отдыху, а также уникальный ресурс МЧС. По сути, Шойгу стал эксклюзивным туроператором Путина, его специалисты могли организовать путешествие Путина в любую точку России, например на родину Шойгу в Туву — маленькую живописную республику на границе с Монголией. Сам глава МЧС стал неизменным спутником Путина на охоте и рыбалке. Именно Шойгу организовывал, к примеру, рыбалку Путина и принца Альбера II в 2007 году в Туве, когда он впервые позировал перед фотографами с обнаженным торсом, а также еще более знаменитую фотосессию, сделанную в августе 2009 года, когда полуголый Путин гарцевал на лошади в ковбойской шляпе.
В ходе той поездки Шойгу фактически выступал в роли режиссера-постановщика: это он подобрал Путину ковбойскую шляпу из арсенала МЧС и выбрал дерево, на которое потом забрался Путин. Как рассказывали очевидцы, Путин тогда очень старался, чтобы фотосъемка получилась качественная: ему пришлось как минимум трижды пересечь узкую холодную реку Хемчик, пока не получился хороший кадр заплыва баттерфляем.
Через полгода произошла трагедия — в Перми сгорел ночной клуб, при пожаре погибли 156 человек. Сразу стало понятно, что виновата служба пожарной безопасности, которая неоднократно проверяла заведение и выдавала ему — за взятки — все возможные разрешения. СМИ стали писать, что подобная система характерна для МЧС, ведомства Шойгу, которое как раз и отвечает за пожарную безопасность. На положении Шойгу трагедия никак не отразилась.
В 2009 году совместное увлечение Шойгу и Путина вышло на новый уровень: они вместе возглавили Русское географическое общество, научную организацию, существовавшую с середины XIX века. Шойгу стал ее президентом, Путин — председателем попечительского совета (его предшественниками в этом качестве были императоры Николай I, Александр II, Александр III и Николай II).
Помощники Шойгу утверждают, что он действительно любит экстремальный отдых — ежегодно уходит в пешие походы по лесу, и каждый из таких походов становится огромной головной болью для ФСО, сотрудники которой не имеют права терять охраняемое лицо из виду. А следом за министром и президентской охраной по тувинской тайге бегут и офицеры Минобороны со спецсвязью и ядерным чемоданчиком.
В 2012 году на долю Сергея Шойгу выпало серьезное испытание: возвращаясь в Кремль, Путин назначил бессменного главу МЧС губернатором Московской области. Для него это было очевидным понижением, однако Шойгу стоически воспринял удар и продолжал столь же лояльно выполнять распоряжения Путина. Президент оценил эту безропотность — подмосковная ссылка продолжалась всего полгода. Уволив Сердюкова с поста министра обороны, Путин заменил его Шойгу — человеком нейтральным и не имевшим никакого отношения к атаке на Сердюкова. Это традиционная для Путина система «сдержек и противовесов» — поддавшись влиянию кого-то из своего окружения, он всегда следует совету лишь наполовину. Если некий приближенный активно лоббирует чью-то отставку, он вряд ли сможет назначить своего человека на освободившееся место. Отставку Сердюкова организовали глава администрации Сергей Иванов и «оружейный король» Сергей Чемезов, а значит, новым министром стал человек, никак с ними не связанный.
Важной для Шойгу миссией на новом месте стало налаживание отношений с генералами — они ненавидели Сердюкова за то, что он не считался с их мнением и видел в них помеху для реформы армии. Шойгу всю команду Сердюкова, состоящую из женщин, умеющих считать деньги, разогнал.
Комар носа не подточит
В фильме «Крым. Путь на родину» Путин рассказывал, что всю ночь с 22 на 23 февраля провел, в ручном режиме руководя операцией по спасению жизни Виктора Януковича: несколько раз созванивался с убегающим из Донецка президентом Украины, потом держал связь с его охранниками, инструктировал спецназ, как обнаружить кортеж Януковича. По словам Путина, у него была информация, что новые власти Украины собираются убить свергнутого президента. Источником этой информации мог быть сам Янукович, который в своем последнем телеобращении к украинскому народу утверждал, что по его машине стреляли, обстреляли и автомобиль спикера Рады Владимира Рыбака (это, к слову, неправда — что утверждал и сам Рыбак).
Ту бессонную ночь Путин провел в Ново-Огарево, в компании ближайших советников: министра обороны Сергея Шойгу, секретаря Совбеза Николая Патрушева, главы ФСБ Александра Бортникова и главы администрации президента Сергея Иванова.
«Я всем моим коллегам, а их было четверо, сказал, что ситуация развернулась таким образом на Украине, что мы вынуждены начать работу по возврату Крыма в состав России. Потому что мы не можем бросить эту территорию и людей, которые там проживают, на произвол судьбы, под каток националистов» — так резюмировал события той ночи Путин.
Собеседники воспринимали эту идею с разной долей энтузиазма: Патрушев был горячо за и уговаривал Путина решаться без промедления. Шойгу, наоборот, был крайне осторожен. Именно ему предстояло отвечать за проведение планируемой операции, поэтому он перечислял аргументы против. Но в итоге Путин его не послушал.
Один из советников, принимавший непосредственное участие в подготовке операции в Крыму, рассказывает, что президент немного путает даты: «вежливые люди» были погружены на корабли в Новороссийске и отправились в Севастополь чуть раньше, 20 февраля — т. е. еще до свержения Януковича. Впрочем, в тот момент его судьба в Кремле казалась предрешенной — президент Украины начал переговоры с европейскими министрами и был готов на их условия. Именно этим и объясняется тот факт, что Путин