После заключения Аугсбургского религиозного мира Иоахима II занимали два важных вопроса, связанных с интересами Гогенцоллернов в целом: магдебургский и прусский. Молодой архиепископ Фридрих скончался уже в 1552 году, еще до того, как к нему был назначен коадъютор. Преемником был избран младший сын курфюрста Зигмунд. В период его правления протестантизм окончательно одержал победу на территории архиепископства. Веттины, разумеется, были крайне недовольны этим успехом Гогенцоллернов и поэтому одобрили статью Аугсбургского мира, по которой духовный князь, переходивший в протестантскую веру, терял все права на свои владения. В 1566 году архиепископ Зигмунд скончался, и в Магдебурге вновь был избран бранденбургский принц, старший внук Иоахима II Иоахим Фридрих. Однако император Максимилиан II отказался утвердить эту кандидатуру, опасаясь секуляризации архиепископства. Магдебургский вопрос превратился в итоге в незаживающую рану, которая еще на протяжении многих десятилетий отравляла отношения между императором и Гогенцоллернами.
Одновременно бранденбургские Гогенцоллерны стремились утвердить свои права на герцогство Пруссию. Для этого, естественно, нужно было договориться с поляками, и курфюрст Иоахим II начал соответствующие переговоры. Со стороны Гогенцоллернов их вел доктор Георг Сабинус, ректор Кенигсбергского университета. Изначально существовал амбициозный план, в соответствии с которым младший сын Иоахима II должен был сесть на польский престол — по материнской линии он был внуком Сигизмунда I. У Сигизмунда II детей не было, и польские протестанты, казалось, готовы были поддержать эту комбинацию. Однако в итоге план так и не был реализован. Более успешно был решен собственно прусский вопрос. В ситуации, когда на востоке Балтики назревала Ливонская война, в 1569 году поляки признали наличие у бранденбургской линии Гогенцоллернов прав на Пруссию. Это было большим успехом, который, однако, был куплен ценой значительных финансовых расходов. В 1564 и 1565 годах Иоахим II был вынужден вновь обратиться к сословиям за помощью в выплате долгов. Несмотря на то, что секуляризация церковного имущества почти удвоила размер княжеского домена, большую часть приобретенного почти сразу же пришлось передать в руки кредиторов.
В свою очередь Ганс Кюстринский, воспользовавшись войной между Данией и Швецией, в 1565 году заявил свои претензии на часть Шлезвиг-Гольштейна. Однако в конечном счете ему не удалось получить от датчан ни земель, ни денег. Иоахим II, у которого были такие же основания для предъявления династических претензий, не принимал никакого участия в этих событиях. Оба брата были солидарны друг с другом только в померанском вопросе в рамках соперничества между городами Франкфуртом-на-Одере и Штеттином. Франкфурт был единственным в Бранденбурге крупным торговым центром; все торговцы, проплывавшие мимо него, обязаны были причаливать к берегу и предлагать свои товары на продажу. После раздела Бранденбурга между двумя братьями возникла опасность того, что города Ноймарка будут составлять Франкфурту конкуренцию. Чтобы не допустить этого, братья заключили в 1539 году компромиссное соглашение. После этого Ганс Кюстринский начал соперничать с Померанией, стремясь перенаправить проходившие через Штеттин торговые потоки в Кюстрин. Братья повысили пошлины, что нанесло серьезный удар штеттинской торговле, основанной преимущественно на экспорте хлеба. Итогом стала длительная торговая война между Штеттином и Франкфуртом; в 1562 году Штеттин даже перекрыл для франкфуртских торговцев возможность плавания по Одеру. Оба бранденбургских брата ответили на это полным запретом торговли с Штеттином, жители которого некоторое время спустя вынуждены были уступить. Торговля после этого возобновилась в полном объеме.
У Ганса Кюстринского не было сыновей. В интересах династии обе его дочери были выданы замуж за представителей других ветвей Гогенцоллернов: старшая — за маркграфа Георга Фридриха Ансбахского, младшая — за маркграфа Иоахима Фридриха, старшего внука Иоахима II. Поскольку первый из этих браков остался бездетным, возвращение Ноймарка в состав Бранденбурга было делом само собой разумеющимся. Иоахим II скончался 3 января 1571 года; его брат пережил его всего на 10 дней. Иоганну Георгу таким образом с самого начала достались обе половины марки Бранденбург. Тем не менее за 35 лет, в течение которых Ноймарк был отделен от остальных территорий, он успел получить свое отдельное административное устройство. В Кюстрине по-прежнему действовало самостоятельное правительство во главе с канцлером, а также отдельное сословное представительство.
3. Иоганн Георг
По характеру и образу жизни Иоганн Георг был полной противоположностью своего отца. До восшествия на престол он жил вдалеке от двора, в замке Цехлин, старой резиденции хафельбергских епископов, управляя секуляризованными церковными владениями. Он с неудовольствием смотрел на пышную и расточительную жизнь отцовского двора, и свое правление начал с жестокой расправы над советниками прежнего курфюрста, которых обвинил в огромных долгах, оставшихся ему в наследство. Советник Маттиас, который неоднократно ссужал деньги курфюрсту, был отправлен в отставку. Прекрасную вдову схватили и заточили в Шпандау. Липпольда, которому ничего не могли предъявить по существу, обвинили в колдовстве и отравлении курфюрста, под пытками вырвали признание и казнили. После этого с территории курфюршества были изгнаны все евреи, и вновь поселиться в Бранденбурге им было разрешено лишь сто лет спустя.
Когда Иоганн Георг пришел к власти, ему было уже 45 лет; на следующий год родился его первый внук. Первая его супруга, принцесса из Лигница, рано умерла; она была матерью старшего сына Иоганна Сигизмунда. Вторая, дочь маркграфа Георга Ансбахского, родила Иоганну Георгу 11 детей, из которых, однако, лишь три дочери дожили до совершеннолетия. Она скончалась в 1576 году, и третьей женой курфюрста стала принцесса Елизавета Ангальтская, родившая ему десять детей, в том числе семерых сыновей; все они пережили своего отца. Иоганн Георг был рачительным хозяином и хорошим отцом семейства, который заботился о своем потомстве и совершенно не собирался вмешиваться в конфликты, не касавшиеся его напрямую. Как и отец, он старался поддерживать хорошие отношения с Габсбургами и до своего вступления на престол был советником императора, а также испанского короля Филиппа II. Тем не менее его интересовал исключительно Бранденбург, и земляки за рачительность прозвали его «Экономом». Иоганн Георг был миролюбив и набожен; он хотел вести спокойную и тихую жизнь в соответствии с заветами апостолов. Весьма умеренный в потреблении алкоголя, он смог дожить до более преклонных лет, чем большинство его предков.
Иоганн Георг прекрасно находил