В феврале 1610 года Бранденбург примкнул вместе с Гессеном к Евангелической унии. Одновременно немецкие протестанты заключили союз с Францией, к которому присоединились также Англия и Нидерланды. Было образовано 30-тысячное войско, готовое выбить императорских солдат из Юлиха. Казалось, скоро начнется общеевропейский конфликт или, по крайней мере, новая большая война между Францией и Испанией. Однако стороны еще не были готовы к бою. Голландцы не хотели нарушать только что заключенное перемирие с Испанией, Католическая лига в Империи не собиралась воевать из-за Юлиха, папа взял на себя посредничество между Францией и Испанией, а состояние габсбургской армии оставляло желать много лучшего. Решающим событием, однако, стало убийство 14 мая французского короля Генриха IV.
Большой войны удалось избежать. Союзники без серьезных усилий взяли крепость Юлих, и Бранденбург вместе с Нойбургом вступили в управление герцогством. Соперники не хотели передавать решение своего спора императорской инстанции, состоявшей из католиков, и настаивали на создании княжеской коллегии, которая приняла бы решение от имени императора, но по факту самостоятельно.
В ходе этих событий Бранденбург вступил в прямой конфликт с императором. При дворе последнего уже говорили о том, чтобы объявить курфюрста вне закона, и это вызывало серьезную тревогу у родственников Иоганна Сигизмунда. Саксония, напротив, не стала предпринимать никаких активных действий и изъявила согласие передать вопрос на рассмотрение имперского надворного совета. Саксонский курфюрст Христиан II твердо держал сторону императора, который в качестве награды решил в июне 1610 года спор в его пользу. Саксонцы были готовы принять участие в боевых действиях против Бранденбурга и грозили вторжением в том случае, если Иоганн Сигизмунд попробует силой отстоять свои права на Юлих. Родственники и представители сословий требовали от бранденбургского курфюрста отступить и избежать конфликта. Однако саксонцы не были готовы подкрепить свои громкие слова действиями, и 31 марта 1611 года в Ютербоге при посредничестве Морица Гессенского оба курфюрста пришли к соглашению, в соответствии с которым Иоганн Сигизмунд допускал Саксонию к совместному управлению Юлихом; саксонцы в свою очередь согласились с тем, что окончательное решение примет коллегия князей.
Против расширения числа соправителей выступил, однако, пфальцграф Нойбургский, и Ютербогское соглашение так и не вступило в силу. Кроме того, пфальцграф начал искать себе новых союзников, обратив свой взор на герцога Максимилиана Баварского, но в то же время не прерывая переговоры о браке с дочерью Иоганна Сигизмунда. В феврале 1612 года курфюрст и пфальцграф серьезно поссорились на пиру в Кенигсберге; дело едва не дошло до рукоприкладства. Ссору уладили, переговоры о помолвке продолжились, однако пфальцграф по-прежнему вел двойную игру. Он зачастил в Мюнхен и в июле 1613 года тайно перешел в католицизм, после чего женился на баварской принцессе. Разрыв между соправителями стал неизбежным.
С осени 1612 года бранденбургской политикой руководил брат курфюрста маркграф Иоганн Георг Егерндорфский. Он решительно порвал с Саксонией и однозначно встал на сторону Евангелической унии. На рейхстаге 1613 года Бранденбург поддержал Пфальц; в мае того же года Евангелическая уния заключила с Нидерландами оборонительный союз на 12 лет. Бранденбург вел, кроме того, отдельные переговоры с голландцами о защите интересов Гогенцоллернов в Юлихе. Нидерланды стремились сохранить перемирие с Испанией и не стали вступать в открытый союз. Однако в ходе тайных переговоров с Морицем Оранским последний обещал помочь с изгнанием нойбургского пфальцграфа и помешать испанскому вмешательству.
В этой напряженной ситуации Иоганн Сигизмунд наконец принял решение перейти в кальвинизм. Торжественная церемония принятия новой веры состоялась на Рождество 1613 года в Берлинском соборе. Несомненно, главную роль здесь играли не политические соображения, а искреннее убеждение. Принятие кальвинизма было результатом длительного внутреннего развития, и слова самого курфюрста о том, что он просто хочет жить в мире со своей совестью, следует принимать всерьез. Политическое значение этот шаг имел лишь постольку, поскольку Иоганн Сигизмунд фактически открыто объявил себя сторонником определенной политической системы; никаких особых выгод он из этого не извлек, более того, его положение в преимущественно лютеранских Бранденбурге и Пруссии стало сложнее. Именно необходимость учитывать точку зрения лютеранских подданных долго удерживала курфюрста от смены веры.
Прошло совсем немного времени, и испанцы с голландцами, несмотря на перемирие, вступили в бой друг с другом на территории Юлиха; эта схватка тесно переплеталась с конфликтом между Бранденбургом и Нойбургом. Увы, военные ресурсы Бранденбурга не позволяли ему сыграть значимую роль в схватке крупных держав и отстаивать свои интересы. Евангелическая уния, Франция и Англия выступили в роли посредников, и в 1614 году был заключен мир в Ксантене, по которому вместо совместного управления был организован временный раздел территорий: Бранденбургу достались протестантские Клеве, Марк, Равенсберг и Равенштейн, Нойбургу — преимущественно католические области Юлих и Берг со столицей Дюссельдорфом. Это, однако, было лишь временным и неустойчивым решением. Испанцы и голландцы сохранили на спорных территориях свои гарнизоны. Бранденбургский наследный принц Георг Вильгельм был направлен в качестве наместника в Клеве. Его советниками были Путлиц и граф Адам фон Шварценберг.
В таком половинчатом решении была повинна не столько личная слабость Иоганна Сигизмунда, сколько недостаточность имевшихся в его распоряжении средств. Бранденбургские сословия по понятным причинам не горели желанием приносить большие жертвы ради приобретения далеких прирейнских земель. Ежегодные доходы курфюрста составляли всего около 280 тысяч талеров, и для большой политики этого было мало. Даже тот небольшой бранденбургский отряд, который с 1611 года находился на Нижнем Рейне, с трудом удавалось финансировать. К тому же переход курфюрста в кальвинизм не способствовал его сближению с преимущественно лютеранскими сословиями. К 1618 году общая сумма долгов Иоганна Сигизмунда выросла до двух с небольшим миллионов талеров.
Тем не менее бранденбургская политика сделала еще одну попытку использовать Нидерланды и Евангелическую унию для защиты своих интересов. У руля курфюршества в это время стояли маркграф Иоганн Георг, тайный советник Абрахам Дона и канцлер Прукманн. Однако Нидерланды по-прежнему были склонны соблюдать перемирие и отвергли в 1615 году все предложения Доны. Евангелическая уния на Хайльброннском съезде 1617 года также отказала Бранденбургу в принятии Клеве и Марка в состав союза. В этой ситуации в Берлине утратили интерес к альянсу и не стали возобновлять истекавший в 1618 году союзный договор.
Маркграф Иоганн Георг покинул пост наместника в 1615 году из-за растущих разногласий с курфюрстом. С самим Иоганном Сигизмундом в следующем году случился удар, который полностью сломил как его физические, так и моральные силы; о каком-либо самостоятельном его правлении после этого уже не могло быть и речи. Вместо