Посольства католических стран были также активными участниками и организаторами католической контрабанды. Дипломатическая почта пользовалась правом неприкосновенности и свободы от досмотра; так в Лондон ввозили запрещенные в Англии католические книги, иконы, четки и т. д. В составе посольской свиты в страну часто въезжали католические священники и точно так же выезжали из нее в случае прямой угрозы для жизни. Статус посольского слуги мог спасти от преследования и помогал джентльменам-католикам при необходимости уехать из страны. Посольства также финансировали деятельность католических священников в Англии, но главным образом тех, кто оказывался под арестом. Кроме того, отъезжающий из страны посол Испании мог с разрешения правительства увезти с собой католических священников, находившихся под арестом в лондонских тюрьмах. Впервые так поступил граф Ферия, покинувший Лондон в 1559 г. Вместе с ним уехали монахи и монахини воссозданных при Марии I и расформированных в 1559 г. монастырей и ряд священников. К этой практике вернулись в начале XVII в., и она стала регулярной.
В первое десятилетие правления Елизаветы католики оказывали лишь пассивное сопротивление новшествам. Елизавета, в свою очередь, надеялась, что католицизм постепенно «отомрет» вместе со старшим поколением консервативно настроенных мирян и священников. Но этот расчет не оправдался.
Все изменилось в конце 1560-х гг.: отношение к католикам стало гораздо более суровым, да и сами они активизировались. Причин тому немало, но самой важной стало появление в Англии центра притяжения для католической оппозиции: потенциальной католической наследницы Марии Стюарт. Королева Шотландии была в 1566 г. свергнута с престола, но в 1567 г. бежала из заключения и после неудачной попытки вернуть власть пересекла границу Англии, попросив убежища у Елизаветы.
Для английского правительства присутствие католички Марии, обладавшей правами на престол, означало большую опасность. Именно этим было продиктовано решение оставить Марию в Англии под домашним арестом. Отправившись к родственникам во Францию, она могла стать знаменем вторжения в Англию. Но и оставаясь в стране, она немедленно стала символом оппозиции.
Об этом свидетельствовало Северное восстание 1569 г. Причины массового восстания в северных графствах страны, поставившего под угрозу власть тюдоровской монархии, как это было и в 1536 г. с «Благодатным Паломничеством», не сводятся только к религиозным; в них переплелись такие мотивы, как ущемление политических прав северных графов и их финансовые затруднения, равно как и экономические проблемы региона в целом. Однако выступили восставшие под лозунгами возвращения к старой вере. В Дарэме и Йорке опять начали служить мессу.
Опасность восстания заключалась и в том, что его поддерживали многие дворяне юга Англии, недовольные засильем при дворе «новых людей», выдвиженцев Елизаветы — прежде всего, клана Сесила. Правительство все же сумело подавить восстание, и это повлекло за собой тяжелые последствия для английских католиков. У правительства появились весомые причины сомневаться в их лояльности; заговорщики из числа близких ко двору аристократов в лучшем случае впали в немилость или эмигрировали, а в худшем — были казнены. Участники восстания были сурово наказаны: более 800 человек были казнены. Большая часть казней пришлась на северные графства — особенно Йорк и Дарэм. Однако небольшую группу приговоренных к смерти дворян (например, Томаса Нортона и его племянника Кристофера) отправили в Лондон и казнили в Тайберне 27 мая 1570 г. во устрашение столичной толпы.
Еще более важные и долговременные последствия имело провозглашенное 27 апреля 1570 г. отлучение Елизаветы I от церкви и освобождение ее подданных от долга верности королеве. Булла Regnans in Excelsis явилась результатом обращения восставших за помощью к герцогу Альбе и Пию V. Папа рассчитывал, что после получения буллы в Англии жители страны поддержат восстание северных графов. Однако булла увидела свет уже после разгрома восстания, так как известия о нем достигли Рима с большим опозданием.
Распространение буллы было запрещено английскими властями. Однако жители столицы быстро ознакомились с ее текстом. В мае 1570 г. католик Джон Фелтон привез несколько экземпляров буллы из Кале в Лондон; часть он раздал друзьям, а один в ночь на 25 мая прибил к дверям резиденции епископа Лондонского близ собора Св. Павла. В ответ на эту вопиющую дерзость власти провели обыски в домах известных столичных католиков, арестовав тех, у кого нашли копии буллы. Один из арестованных вскоре выдал Фелтона. Тот был быстро арестован и немедленно признался в содеянном. Он был казнен возле места своего преступления 8 августа 1570 г., объявив, что умирает из-за отказа признать власть королевы над английской церковью.
Издание буллы существенно ухудшило положение английских католиков. Парламент, собравшийся в 1571 г., постановил, что одно только сомнение в законности права Елизаветы на престол является государственной изменой, караемой смертной казнью и конфискацией имущества. Другой статут, принятый тем же парламентом, приравнивал к государственной измене получение булл и посланий от римского престола, а также недонесение о подобном преступлении. Тюремным заключением теперь карались доставка в Англию и приобретение католической утвари, служебников, распятий, икон, крестов и т. п.
Вскоре после этого власти «обновили» новую виселицу в Тайберне, позволявшую вешать несколько осужденных одновременно. Первым католиком, казненным на Тайбернском древе, стал Джон Стори — влиятельный католик времен королевы Марии I. В царствование ее сестры он эмигрировал в Нидерланды. В 1571 г. известного в эмигрантских кругах доктора Стори заманили на английский корабль в Антверпене и доставили в Лондон, где признали виновным в измене и казнили.
На следующий год (1572) правительство объявило о раскрытии так называемого заговора Ридольфи (по имени итальянского банкира заговорщиков), ставившего своей целью убийство Елизаветы и возведение на престол Марии Стюарт и герцога Норфолка силами повстанцев и испанской армии, направленной из Нидерландов. До сих пор не вполне ясно, был ли заговор реальным или же это была провокация, нацеленная против Марии Стюарт и герцога Норфолка (потенциального лидера дворянской оппозиции режиму). Парламентарии из числа радикальных протестантов в 1572 г. требовали казни шотландской королевы, и, хотя ей удалось уцелеть, герцог Норфолк взошел на плаху. Правительство арестовало ряд известных католиков и держало их в тюрьмах.
Причины гонений объясняются не только заговорами и восстаниями. На 1570-е гг. приходится начало деятельности католической миссии в Англии. Одним из ее основателей был Уильям Аллен, профессор оксфордского университета, эмигрировавший в Нидерланды. Осенью 1568 г. Аллен при содействии университета Дуэ открыл в этом городе первую Английскую коллегию. Коллегия изначально