Первые выпускники коллегии прибыли в Англию из Дуэ в 1574 г. Их появление укрепило дух английских католиков; сыграли свою роль и переговоры о браке между Елизаветой I и Франсуа Анжуйским, породившие надежды на изменение положения католиков в стране. Однако прибытие священников-миссионеров вызвало в Англии очередной виток гонений: в 1577 г. прокатилась новая волна арестов среди дворян-католиков, а священник Катберт Мэйн был казнен в Корнуолле, положив начало серии казней католических клириков. Миссионеров, впрочем, не остановила угроза казни. Вскоре к выпускникам семинарий присоединились иезуиты.
Начало работы иезуитской миссии выпало на июль 1580 г., когда иезуиты Роберт Парсонс и Эдмунд Кэмпион высадились в Дувре. Из соображений безопасности направлявшиеся в столицу иезуиты путешествовали поодиночке, не имея при этом никаких полезных контактов в столице. Однако преследования католиков породили новые центры притяжения их единоверцев, места, где всегда можно было найти надежных людей.
Такими местами стали лондонские тюрьмы, в которых содержались католики. Всего их было 13, но чаще всего заключенные-католики оказывались в тюрьмах Ньюгейт, Маршалси и Клинк (в Саутуорке), а самые важные из них — в Тауэре. Условия содержания в них заключенных варьировались в зависимости от указаний приказа об аресте, а также социального статуса и богатства самого арестанта и его родственников. Тюрьмы XVI в. представляли собой, по сути, феодальные держания: тюремщик обязывался предъявить доставленных ему заключенных по первому требованию королевских властей. За стол и еду ему платили сами заключенные, так что люди состоятельные могли устроиться там с комфортом. Им разрешалось иметь слуг и принимать посетителей (если, конечно, в приказе об их содержании не было оговорено обратное). Тюремщики могли даже выпустить арестованных на время под честное слово. Так, находившийся под арестом в замке Фрамлингэм (Кембриджшир) священник Томас Блюет был в 1602 г. отпущен на 10 дней и успел за это время съездить в Лондон, навестить своих друзей, арестантов в Маршалси, и вернуться.
Арестованные и порой пребывавшие в заключении месяцы, если не годы, священники с попустительства, а зачастую и при прямой материальной заинтересованности тюремщиков, служили в тюрьмах мессу; на такие богослужения допускались посетители из числа лондонских католиков. Многим небогатым горожанам именно тюрьмы предоставляли доступ к католическим таинствам, ведь они не могли содержать в своих домах капелланов. Тюрьмы служили также и центрами подпольной сети распространителей книг, и местами, где устанавливались контакты с единоверцами.
Именно их и искали прибывшие в Лондон отцы-иезуиты. Роберт Парсонс первым делом отправился в тюрьму Маршалси, нашел содержавшихся там священников и познакомился с одним из арестантов — богатым джентльменом-католиком по имени Томас Паунд. Именно он помог иезуитам найти безопасное укрытие и свел их с нужными людьми, прежде всего, собственными родственниками из семьи графа Саутхэмптона и виконта Монтегю. Благодаря его посредничеству вскоре в Саутуорке (в доме сэра Фрэнсиса Брауна, брата виконта Монтегю) состоялся тайный католический синод, куда были приглашены священники из близлежащих графств и представители католических дворянских семейств.
После завершения синода Парсонс и Кэмпион отправились в поездку по стране. Во время своего путешествия иезуиты останавливались в домах дворян-католиков, встречались со священниками, работавшими в этих графствах, закладывая основу сети убежищ и «баз» для новых миссионеров. В октябре 1581 г. они вернулись в Лондон, и здесь, в одном из пригородов, Парсонс устроил подпольную типографию, ставшую прообразом последующих нелегальных католических издательств на территории Англии.
Активность иезуитов в стране встревожила правительство и вызвала резкий ответ. В январе 1581 г. сессия парламента приняла статут, объявлявший государственной изменой обращение в католичество. Был введен штраф за присутствие на мессе (100 марок); уплатившему грозило также и тюремное заключение сроком в год. Штраф же за непосещение приходской церкви был увеличен до 20 фунтов стерлингов.
Иезуиты ответили на это публикацией в марте 1581 г. трактата Кэмпиона «Decem rationes», оспаривавшего основные догматы Англиканской церкви. Епископу Лондонскому было предписано вступить в полемику, а за иезуитами началась настоящая охота. Кэмпион и несколько его спутников были арестованы, обвинены в заговоре с целью смещения и убийства Елизаветы и казнены в декабре 1581 г. Парсонс же еще осенью того года сумел выехать в Нидерланды (в свите испанского посла).
В начале 1580-х гг. эмигранты-католики пришли к выводу о возможности обращения Англии в католичество только после смены режима и склонялись к тому, что добиться этого можно только насильственным путем: через восстание католиков внутри страны, поддержанное извне, силами французских родственников Марии Стюарт — Гизов — и Испании. Неоднократно строились и менялись планы, в том числе и потому, что испанский король отказался рисковать деньгами и солдатами, поддерживая профранцузскую кандидатуру. В 1584 г. участник заговора с английской стороны, дворянин-католик Фрэнсис Трокмортон, был арестован и под пыткой выдал планы заговорщиков освободить из заключения Марию Стюарт и возвести ее на английский престол силой армии герцога Гиза. Трокмортон был казнен в Тайберне (июль 1584 г.), но другим участникам заговора удалось бежать. Однако в правительственной пропаганде образ католика теперь связывался с понятием измены.
Обстановка тем временем накалялась: в 1584 г. был убит Вильгельм Оранский; с его смертью лидером европейских протестантов оставалась Елизавета. Филипп II увеличил численность войск в восставших против его власти Нидерландах, и к августу 1585 г. его генерал Александр Фарнезе сумел отвоевать южную часть страны. Охваченная гражданской войной Франция к этому моменту была выведена из игры. Поражение голландских протестантов без помощи извне казалось неотвратимым, и английское правительство сочло необходимым открыто вмешаться в конфликт. Осенью 1585 г. английский экспедиционный корпус под командованием графа Лестера высадился в Нидерландах; началась затяжная война с Испанией (1585–1604).
С началом войны английские католики очутились меж двух огней: большинство из них было вполне лояльным по отношению к Елизавете, но именно Испания оказывала им поддержку и покровительство, испанский двор выплачивал пенсии эмигрантам и частично финансировал семинарии для английского клира. С началом войны это дало правительству возможность рассматривать их как потенциальных изменников, своего рода «пятую колонну». После убийства Вильгельма Оранского в Англии была создана Ассоциация для защиты королевы, а парламент 1585 г. постановил, что «все подданные Ее Величества могут законно, в силу данного акта и по приказу королевы, всеми возможными средствами предать смерти тех, с чьего согласия и ведома и при чьей помощи может произойти вторжение или