В Санкт-Петербурге С.Е. Крыжановский принимал участие в студенческих демонстрациях, за что подвергался полицейским репрессиям. В ноябре 1882 г. ему пришлось провести несколько суток под арестом в полиции за участие (довольно, впрочем, случайное) в студенческой сходке [523]. Тем не менее учебу на юридическом факультете он успешно завершил: Санкт-Петербургский университет С.Е. Крыжановский окончил в 1884 г. Служба его началась в 1885 г. Он стал кандидатом на судебные должности при Санкт-Петербургском окружном суде. В 1887 г. молодой юрист привлекался по делу народнического публициста В.В. Водовозова, попытавшегося нелегально издать в России известное в ту пору сочинение либерального немецкого профессора А. Туна «История революционного движения в России». В.В. Водовозов, тоже участвовавший в «Ольденбургском кружке», уговорил С.Е. Крыжановского перевести для приложения к книге с польского языка несколько фрагментов, касавшихся истории революционно-народнического движения [524]. За попытку нелегального издания В.В. Водовозов был отправлен в ссылку в Архангельскую губернию, а С.Е. Крыжановский отделался арестом на две недели, но и от такого наказания он по ходатайству отца был освобожден. До 1891 г. он занимал должность следователя в Санкт-Петербурге. В 1891–1896 гг. С.Е. Крыжановский последовательно служил товарищем прокурора Великолуцкого, Рижского, Петербургского окружных судов. С 1896 г. был переведен на весьма ответственную должность начальника земского отделения хозяйственного департамента Министерства внутренних дел. Он начал курировать деятельность учреждений местного самоуправления, ведавших развитием коммуникаций, просвещения и здравоохранения, а также региональной тарифной политикой. В 1897 г. его назначили членом от Министерства внутренних дел в Комиссию по изменению и дополнению ограничительного закона о евреях. В 1900 г. С.Е. Крыжановский получил видный пост вице-директора хозяйственного департамента этого министерства.
В начале 1900-х гг. по поручению начальства он подготовил несколько законопроектов, направленных на повышение эффективности учреждений местного общественного самоуправления. Наиболее значительным из них был проект «Положения об общественном управлении города Санкт-Петербурга», утвержденный в 1903 г. В этом же году по поручению министра внутренних дел В.К. Плеве он составил проект учреждения в структуре министерства Главного управления по делам местного хозяйства. Новый орган должен был ведать вопросами взаимодействия правительства с учреждениями земского и городского самоуправления. С.Е. Крыжановский был тогда же назначен помощником начальника Главного управления. Кроме того, при Главном управлении предположено было создать еще и Совет по делам местного хозяйства при участии представителей от земств и городских дум. По мнению министра, вводить элементы общественного представительства нужно было осторожно и под безусловным контролем официальных властей. Однако ввести новое учреждение тогда не удалось: в июле 1904 г. министр В.К. Плеве был убит в результате организованного эсерами террористического акта. Совет по делам местного хозяйства начал действовать только в 1909 г., когда министром внутренних дел был П.А. Столыпин. С.Е. Крыжановский в ранге товарища министра внутренних дел стал фактическим руководителем этого учреждения [525].
Во второй половине 1904 г. в России активизировалась общественно-политическая оппозиция. Сменивший В.К. Плеве Министр внутренних дел князь П.Д. Святополк-Мирский в обстановке неудачно шедшей для самодержавия Русско-японской войны объявил о новом этапе в политической жизни страны – «эпохе доверия» между правительством и здоровыми силами общества. Началась разработка мер по либерализации государственной политики и общественной жизни. По правилам того времени проекты предполагаемых реформ следовало облечь в форму всеподданнейшего доклада императору. Этот ответственный документ П.Д. Святополк-Мирский поручил подготовить С.Е. Крыжановскому. Через две недели проект доклада был готов. В нем С.Е. Крыжановский подчеркивал необратимость великих преобразований эпохи отмены крепостного права и указывал на то, что в стране созрели условия для нового витка реформ. Но проводить их следует осторожно и при безусловном лидерстве просвещенной администрации. Государственная власть в России, по его убеждению, всегда была и впредь должна остаться безусловным творцом и лидером политического и культурного обновления. Администрация не могла ограничиваться уступками общественной оппозиции, она должна была руководить процессами политического воспитания людей и формирования гражданского общества. Пришло время, полагал он, для постепенного введения в России законосовещательного представительства путем включения в состав Государственного совета выборных членов от губернских земских собраний и от Дум крупных городов. Но самым существенным условием дальнейшего развития России С.Е. Крыжановский считал утверждение гражданственности в широких массах крестьянства. А это предполагало постепенную замену общинного надельного землевладения частной крестьянской собственностью на землю. Подготовленные предложения в конце ноября 1904 г. были представлены министром внутренних дел Николаю II, но полного одобрения не получили. Тем не менее наиболее существенные идеи С.Е. Крыжановского вошли в царский указ от 12 декабря 1904 г. «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка». В этом документе верховная власть объявляла о готовности приступить в ближайшем будущем к умеренной либерализации политической жизни. Однако разразившийся в стране революционный кризис вынудил власти внести существенные коррективы в свои действия [526].
В 1905 г. С.Е. Крыжановский стал одним из главных творцов законодательства, оформившего введение в России начал представительного правления. Он принял активное участие в составлении проекта законосовещательного учреждения, введение которого было предусмотрено указом Николая II от 6 августа 1906 г. Именно С.Е. Крыжановский предложил воспользоваться терминологией давнего плана М.М. Сперанского и назвать новое учреждение Государственной думой [527]. Тем самым инициаторы реформы избегали упрека «в копировании с западных образцов». В начале 1906 г. С.Е. Крыжановский принял активное участие в подготовке важной реформы Государственного совета, реорганизовавшей это старое законосовещательное учреждение в верхнюю законодательную палату Российской империи. В апреле 1906 г. еще при министре П.Н. Дурново он был назначен на видную должность товарища министра внутренних дел. Возглавивший после роспуска I Государственной думы правительство П.А. Столыпин высоко оценил деловые качества нового сотрудника. Сохранив в своих руках портфель министра внутренних дел, волевой и энергичный премьер-министр видел в С.Е. Крыжановском своего заместителя по Министерству внутренних дел и единомышленника. С.Е. Крыжановский сыграл решающую роль при разработке новой редакции избирательного закона, введенной в действие 3 июня 1907 г. царским указом после роспуска II Государственной Думы. С полной определенностью писал об изложенном очевидец событий В.Ф. Джунковский: «Автором этого закона (3 июня) был С.Е. Крыжановский, весьма талантливый, умный, бывший в то время товарищем Министра внутренних дел и правой рукой Столыпина. Крыжановский отлично знал все слабые стороны характера Столыпина и очень умело и ловко ими пользовался для достижения тех или иных целей. По уму он был выше Столыпина, все смелые законопроекты, все распоряжения, как-то: закон 3 июня, земства в западных губерниях, ограничения евреям и т. д. – все они инспирировались Крыжановским, который был их автором,