В январе 1909 г. С.В. Рухлов занял пост министра путей сообщения Российской империи, и время его руководства ведомством вплоть до войны 1914 г. оказалось отмечено последним подъемом железнодорожного и шоссейного строительства. При нем значительно повысилась пропускная способность и рентабельность железных дорог, которые впервые за многие годы стали приносить государству прибыль. Он стремился координировать работу своего министерства с деятельностью других ведомств. Признанием его заслуг стали специальные правительственные награды, полученные министром за содействие делу крестьянского переселения на окраины империи, а также за высокую организацию транспорта при проведении мобилизации 1914 г. В мае 1912 г. император Николай II пожаловал С.В. Рухлову почетное звание статс-секретаря. В 1914 г. министр был назначен членом Комитета финансов, а в августе 1915 г. возглавил Особое совещание по транспорту. Во многом благодаря усилиям С.В. Рухлова железные дороги Российской империи выдержали напряжение первого года войны. Однако в 1915 г. появился новый претендент на его должность, А.Ф. Трепов, считавший, что транспортная сфера требует дальнейших преобразований, и 27 октября последовала отставка министра с награждением его алмазными знаками к ордену Святого Александра Невского, портретом Николая II с собственноручной подписью и оставлением членом Государственного совета с повышенным содержанием. Подводя итоги своей многолетней службы, С.В. Рухлов говорил: «Вся суть в том, что карьеры я вовсе не делал, а она сама как-то сделалась… У меня была привычка, какое бы дело ни подвернулось, делать его как следует, вполне добросовестно, вот и все. Меня интересовало справиться с задачей не как-нибудь, а непременно хорошо. Вот и весь секрет моей карьеры».
У современников о С.В. Рухлове сложилось мнение как о противнике промышленных монополий. Министр торговли и промышленности С.И. Тимашев считал, что С. В. Рухлов к промышленности «относился с прямой враждебностью, считая ее видных представителей людьми вредными с точки зрения общегосударственных интересов страны». Несмотря на то, что большая часть его жизни прошла за пределами Вологодской губернии, он поддерживал контакты с вологжанами и сопереживал их интересам. Памятуя о годах учебы в Санкт-Петербургском университете и не понаслышке зная о проблемах студентов, приехавших из провинции, С.В. Рухлов стал инициатором учреждения Общества вспомоществования учащимся в Санкт-Петербурге вологжанам. Общество оказывало помощь студентам в виде выдачи беспроцентных ссуд без определенного срока их погашения. В декабре 1910 г. на базе этого общества было открыто Вологодское подворье – благотворительное заведение гостиничного типа (располагалось по адресу: Митавский переулок, дом 3, квартира 22). Здесь приехавшим в Санкт-Петербург в поисках работы вологжанам предоставлялся бесплатный ночлег и содержание сроком до пяти суток. За благотворительную деятельность в пользу учащейся молодежи города и «в знак искреннейшей признательности городского общества за особенное сочувственное отношение к важнейшим нуждам города» Вологодская городская дума ходатайствовала о присвоении С.В. Рухлову звания «Почетный гражданин города Вологды», на что 19 декабря 1901 г. было дано «высочайшее соизволение». Присвоение С.В. Рухлову звания одновременно с И.Я. Дуниным-Борковским и В.Н. Зубовым позволяет предположить, что в числе «многих и существенных услуг», оказанных им Вологде, которые отмечались при его представлении к званию, подразумевалось и содействие решению вопроса о железной дороге.
С.Ю. Витте не любил С.В. Рухлова и «не желал иметь в его лице соглядатая великого князя Александра Михайловича», по словам председателя Совета министров, большого интригана. С.Ю. Витте писал, что С.В. Рухлов «как угодливый человек… был готов преклоняться перед малейшими желаниями своего великокняжеского шефа» [640]. О назначении С.В. Рухлова министром путей сообщения С.Ю. Витте замечал, что тот «имел в своей жизни отношение к путям сообщения вообще и железнодорожному делу в особенности, как я к медицине» [641]. В то же время С.Ю. Витте признавал, что С.В. Рухлов был «умным и дельным» чиновником, а П.Л. Барк называл его «очень сведущим и энергичным человеком». В.И. Гурко смотрел на деятельность С.В. Рухлова весьма скептически. Он считал, что этот чиновник «безусловно, честный человек и добросовестный работник, но государственным деятелем он не был. Не хватало у него для этого не столько ума, сколько замаха и энергии» [642]. Желая повысить доходность железных дорог, С.В. Рухлов попытался достичь этого, «уменьшив почти до полного прекращения пополнение подвижного состава и ухудшив состояние путей», что, по мнению В.И. Гурко, резко отрицательно сказалось во время Первой мировой войны. Разделял это мнение и С.И. Тимашев. О моральном облике С.В. Рухлова С.Ю. Вит-те писал, что «по политическому образу мыслей это – „чего изволите“, – и считал его „малокультурным в европейском смысле“ [643].
Многие авторы, в том числе и С.Ю. Витте, подчеркивали ксенофобию С.В. Рухлова. В.И. Гурко писал, что во время войны Совет министров почти в полном составе поддерживал необходимость предоставления евреям права селиться вне черты оседлости. Остался при отдельном мнении только С.В. Рухлов. Как замечал В.И. Гурко, «коренной горячий русак» С.В. Рухлов заявил: «Я не вношу разногласия… но и не могу присоединиться к этому решению. Вся страна страдает, а льготы получают евреи» [644]. Примечателен и эпизод, приведенный С.Ю. Витте, когда С.В. Рухлов пытался запретить лицам нерусского происхождения участвовать в строительстве железной дороги Щепетовка–Проскуров и даже считал их участие «опасным в политическом отношении». Граф И.А. Потоцкий, инициатор строительства этой дороги, при аудиенции задал С.В. Рухлову вопрос: «Ваше высокопревосходительство, изволите ли вы знать этот край? Вы, вероятно, судите по неверным сообщениям». Что же ответил министр путей сообщения?! По свидетельству С.Ю. Витте, ответ заключался в следующем: «Нет, я сам служил в этом крае. Я служил помощником смотрителя тюрьмы в Летичеве». На это И.А. Потоцкий не без юмора позволил себе «почтительно заметить его высокопревосходительству, что он, вероятно, знаком только с клиентами того заведения, в управлении которого он принимал участие, а не с жителями этого края вообще» [645].
Нелестную характеристику С.В. Рухлову дал И.И. Колышко: "Банщиком" прозвал его Витте. Рухлов, действительно, был красен, важен и по-банному расчесывал свои деревянные волосы. Рухлов был из вологодских мужичков: говорил на "о", отличался необыкновенным трудолюбием и еще большим лукавством. Начало его карьеры во мраке. Кверху толкнул его великий князь Александр Михайлович, в бытность свою главой ведомства торговли и