Лучшие годы Иоахима Фридриха, однако, были уже позади. Он рано состарился и, став курфюрстом, уже не демонстрировал прежней энергии и предприимчивости. Однако он был готов справляться с трудностями; его первым актом стала отмена отцовского завещания и отправка в отставку канцлера Христиана Дистельмайера. Иоахим Фридрих привез с собой своих магдебургских советников, канцлером стал Иоганн фон Лёбен. В целом радикальных изменений в княжестве не произошло. Лёбен продолжал прежнюю линию, стремясь поддерживать хорошие отношения с императорским двором — хотя бы для того, чтобы там не чинили препятствий отмене завещания предыдущего курфюрста.
Именно это завещание стало главной проблемой для нового правителя. Вместе с бездетным Георгом Фридрихом он составил план, в соответствии с которым младшим братьям курфюрста должны были достаться франконские герцогства, в то время как марка оставалась неделимой. 29 апреля 1599 года оба Гогенцоллерна подписали в Магдебурге договор. В соответствии с ним Бранденбург со всеми будущими приращениями (среди последних особо упоминалось герцогство Пруссия) становился нераздельным целым, которое должно было передаваться по мужской линии. Франконские княжества Ансбах и Кульмбах должны были отойти старшим сыновьям от третьего брака Иоганна Георга — маркграфам Христиану и Иоахиму Эрнсту. Второй сын Иоахима Фридриха Иоганн Георг, чьи шансы на епископство Страсбургское стали призрачными, должен был впоследствии получить герцогство Егерндорф. Остальным детям курфюрста полагались денежные выплаты. Эти соглашения, однако, не сразу вступили в силу. Сыновья Иоганна Георга от третьего брака, поддерживаемые матерью, не дали своего согласия, настаивая на исполнении завещания в полном объеме.
К этим династическим проблемам добавились трудные переговоры с сословиями. Иоганн Георг оставил после себя долг в размере 569 тысяч талеров. К этому добавлялись долги самого Иоахима Фридриха, составлявшие еще 400 тысяч. Требовалась помощь сословий, и курфюрст решил вести переговоры с их делегацией, не созывая полноценный ландтаг. Представители сословий, однако, беспокоились за свои полномочия, и в 1602 году Иоахим Фридрих вынужден был все же иметь дело с ландтагом. Результаты переговоров оказались неудовлетворительными: сословия согласились покрыть только 600 тысяч талеров долга и отказались утвердить постоянный налог. Кроме того, курфюрсту пришлось подтвердить привилегии дворян в отношении крестьянства; однако Иоахим Фридрих отказался принять сословную конституцию, которая создала бы законную основу для постоянного участия дворян в управлении маркой. Во внешних делах сословия выступали против любого конфликта с императором, равно как и против активной политики в страсбургском и юлихском вопросах.
В этой ситуации у курфюрста не было возможности предпринять какие-либо смелые шаги на международной арене. Кроме того, у него отсутствовал необходимый военный инструмент: проверка показала, что в распоряжении Иоахима Фридриха есть лишь около тысячи человек конницы и четырех тысяч пехотинцев, причем их боеспособность оставляла желать лучшего. Альтернатив миролюбивой политике Лёбена в этой ситуации просто не существовало. Когда Георг Фридрих убеждал курфюрста примкнуть к планируемому протестантскому союзу, тот отказался со ссылкой на свое трудное положение. Одновременно он пошел на уступки в страсбургском вопросе, где коадъютором был избран австрийский эрцгерцог.
В феврале 1603 года Иоахим Фридрих на съезде протестантских князей в Гейдельберге заявил, что не может ни утвердить свое влияние в Страсбурге, ни примкнуть к протестантскому союзу. Он вернулся к принципам Иоганна Георга, полагая, что шаткую конструкцию Империи лучше сохранить, чем пытаться ее разрушить. Двумя месяцами позже, в апреле 1603 года, скончался 61-летний маркграф Георг Фридрих Ансбахский, который был душой энергичной династической политики Гогенцоллернов на протяжении всего предшествующего десятилетия. Казалось, что этой политике пришел конец. Парадоксально, но именно смерть Георга Фридриха придала ей новый импульс. Она покончила с семейной распрей — братья Иоахима Фридриха, которым доставались франконские княжества, решили в конце концов согласиться с предложениями курфюрста. В 1603 году они присоединились к ранее заключенному наследственному договору, и неделимость Бранденбурга обрела силу закона. Маркграфы Христиан и Иоахим Эрнст стали основоположниками младших линий Гогенцоллернов — Ансбахской и Байрейтской.
Смерть Георга Фридриха поставила на повестку дня также вопрос о назначении нового регента в Пруссии. Курфюрст должен был поспешить, чтобы заполнить эту вакансию. Одновременно Иоахим Фридрих расширил круг своих советников, включив в него приближенных своего покойного родственника. Это уже само по себе свидетельствовало о росте внешнеполитической активности Бранденбурга. 23 декабря 1604 года был основан Тайный совет, коллегия из девяти советников под председательством обер-камергера графа Шлика. Этот орган отвечал в первую очередь за внешнюю политику, но занимался и внутренними делами. Все ключевые решения принимал, разумеется, сам курфюрст. Старый совет в результате превратился в чисто судебный орган, камеральный суд под председательством вице-канцлера. Отдельный орган ведал управлением княжескими доменами. В результате в Бранденбурге произошла реорганизация административной системы, которая уже была проведена в большинстве немецких княжеств.
Основание Тайного совета стало важной вехой не потому, что сословия теперь были отстранены от внешнеполитических дел; такое положение вещей существовало на протяжении всего XVI века. Появление нового органа стало отражением резко возросшей сложности государственного управления, связанной в том числе и с перспективами территориального расширения курфюршества.
Важную роль в бранденбургской политике того времени играл принц Иоганн Сигизмунд, которому отец предоставлял все больше полномочий в сфере управления государством. Вместе с рядом советников он добился того, что в 1605 году курфюршество все-таки примкнуло к союзу протестантских княжеств. В феврале 1605 года был подписан договор с Пфальцем; одновременно было объявлено о помолвке 10-летнего сына Иоганна Сигизмунда с 8-летней пфальцской принцессой. Однако все значение этого альянса раскрылось два месяца спустя, когда оба курфюрста заключили союз с Нидерландами. В соответствии с его условиями в обмен на выплату 100 тысяч гульденов в год голландцы обязались держать наготове пять тысяч солдат, которые при благоприятных обстоятельствах должны были вступить в Юлих от имени Бранденбурга. Это соглашение произвело большое впечатление в Империи.
В это же время удалось укрепить династическую связь с Пруссией. Иоахим Фридрих, незадолго до этого овдовевший, женился в 1603 году на младшей прусской принцессе Элеоноре, став благодаря этому шурином своего собственного сына. После этого он вступил в переговоры с Польшей и с прусскими сословиями по поводу передачи ему регентства. Польский король Сигизмунд III, который вел войну с