Командующим Черноморским флотом в то время был вице-адмирал В. А. Пархоменко, награждённый за боевую работу четырьмя орденами Красного Знамени и орденом Нахимова II степени, ранее в течение почти года командовавший лёгким крейсером «Молотов». Вице-адмирал прибыл к месту катастрофы оперативно — около двух часов ночи, осмотрел корабль, опросил матросов и офицеров, но, неверно оценив живучесть корабля, не отдал команды, чтобы тяжёлый корабль, сохранивший ход, двинулся на мелководье своим ходом, где, сев на мель, мог сохранить устойчивость и не опрокинуться, не отдал команды о переводе матросов, не занятых спасательными работами, на стоявшие вдоль бортов малые спасательные суда. Кроме того, комиссией была выявлена неудовлетворительная охрана Севастопольских рейдов — накануне и в часы катастрофы они были практически полностью раскрыты.
В. А. Пархоменко был снят со своего поста, разжалован в контр-адмиралы и направлен на Тихоокеанский флот.
Около 4 часов 14 минут линкор «Новороссийск» накренился и лёг на борт. В таком положении он находился более 16 часов и только около 22 часов 29 октября полностью погрузился в воду.
Большие человеческие жертвы, от 1100 до 9000 человек бывали и на советском (теплоход «Армения»), и на американском (линкор «Аризона»), и на немецком (линкор «Бисмарк», линейный крейсер «Шарнхорст», лайнеры «Вильгельм Густлофф», «Кап Аркона», «Дойчланд», «Гойя»), и на японском (линкоры «Ямато», «Мусаси», «Фусо»), и на итальянском (линкор «Рома») флоте, но все эти суда и корабли были потеряны в ходе боевых действий, тогда как взрывы на линкоре «Новороссийск», прозвучали в мирное время, и в результате погибли 556 матросов и офицеров, а кроме того — 61 человек с других кораблей и подразделений флота.
Гибель советских моряков произошла на Севастопольском рейде — главной военно-морской базе Советского Черноморского флота. На этом самом месте 39 годами ранее, 7 октября 1916 года, в результате нескольких диверсионных взрывов погиб новейший флагман Черноморского флота линкор «Императрица Мария», унесший жизни 228 моряков. Причиной гибели русского флагмана, как выяснилось позднее, явились действия немецкой диверсионной группы. Гибель линкора «Новороссийск», с высокой степенью вероятности, исторически всё более и более подтверждаемой, произошла в результате действий итало-английского подводного диверсионного спецназа.
К 1955 году первая послевоенная кораблестроительная программа была в целом выполнена. Создавались современные надводные корабли различных классов с артиллерийским вооружением, а с середины 1950-х годов началось массовое строительство дизель-электрических подводных лодок. В оперативно-стратегическом плане ВМФ СССР оставался оборонительным фактором прибрежного действия.
В то же время была ещё одна, гораздо менее афишируемая причина снятия Н. Г. Кузнецова со своего поста. Причина была в том, что Николай Герасимович всегда твёрдо поддерживал необходимость строительства тяжёлых кораблей, прежде всего авианосцев.
На то время США располагали 33 авианосцами типа «Эссекс», «Мидуэй» и «Сайпан», а ввод в строй даже десяти советских авианосцев, планируемых к спуску на воду к 1960 году, не только не устанавливал равенства на море, но наносил колоссальный удар по относительно скромному советскому бюджету. Нужен был иной ответ — не симметричный.
Такой ответ, благодаря поддержке инженер-контр-адмирала П. Г. Котова и на работе главного конструктора ОКБ-52 В. Н. Челомея, вскоре был найден. Причём найден он был сразу в двух важнейших направлениях: по обеспечению стратегического сдерживания США, когда мир у берегов Европы и Америки «стерегли» советские подводные лодки четырёх типов (644, 655, 651, 659), на которых было развёрнуто более 200 челомеевских крылатых ракет П-5 (от двух до шести ракет на борту), и при создании оружия для борьбы с морскими и наземными целями, когда на вооружение стали поступать высокоточные крылатые ракеты.
Заметим, что все крупные надводные корабли, потопленные после 1967 года, были уничтожены крылатыми ракетами: эсминец «Эйлат» (Израиль, потоплен в 1967 году), эсминец «Шеффилд» (Великобритания, потоплен в 1982 году).
В конце 1956 года под руководством главкома ВМФ состоялось совещание командования флотов и флотских учёных, посвященное проблемам развития флота, на котором С. Г. Горшков выступил с докладом о приоритетном развитии подводных сил. Преимущественное развитие подводных лодок, по его мнению, «позволяло в кратчайшие сроки резко увеличить ударные возможности флота и с меньшей затратой средств умножить морское могущество нашей страны». В результате дискуссии удалось выработать чёткую концепцию развития флота на ближайшие 10–15 лет. Чтобы противостоять угрозе флотов США и НАТО с моря, надо было «сосредоточить усилия на создании мощного подводного флота и морской торпедоносной и ракетоносной авиации». Надводные корабли ограниченного водоизмещения предлагалось строить для развёртывания в океане подводных лодок и обеспечения защиты берега. Кроме того, они должны были составить основу десантно-высадочных средств и сил поддержки десанта, им принадлежала главная роль в борьбе с минной опасностью и в защите своих коммуникаций. Такое направление развития флота было поддержано видными советскими учеными И. В. Курчатовым, А. П. Александровым, руководителями судостроительной промышленности.
Принятый в 1956 году научно обоснованный семилетний план военного кораблестроения стал важнейшим поворотным этапом в создании современного флота в условиях начавшейся научно-технической революции. Руководство страны впервые поставило перед флотом стратегические задачи, сосредоточив внимание на создании морских стратегических ядерных сил на основе подводных лодок с атомными энергетическими установками, вооружённых крылатыми ракетами.
В работах по выработке программ перевооружения флота активное участие принимал инженер-контр-адмирал Павел Григорьевич Котов, впоследствии адмирал, технически одарённый и прогрессивно мыслящий человек, в марте 1957 года назначенный на должность заместителя начальника кораблестроения ВМФ СССР по научно-исследовательской работе. Впоследствии, в 1965 году, он был назначен заместителем главнокомандующего ВМФ СССР по кораблестроению и вооружению — начальником кораблестроения и вооружения ВМФ СССР. В этой должности П. Г. Котов оставался до 1986 года, он покинул свой пост в критические для Советского Союза годы, когда из жизни ушли Л. И. Брежнев, Ю. В. Андропов, Д. С. Устинов, яркие учёные и конструкторы С. В. Ильюшин, В. Н. Челомей, П. С. Кутахов, И. К. Кикоин, Н. А. Пилюгин, Л. В. Люльев, В. П. Макеев… Членом Политбюро ЦК КПСС уже был избран М. С. Горбачёв, всё чаще председательствовавший на его заседаниях.
Во второй половине 1960-х годов активизировалось взаимодействие ЦКБМ и ЛПМБ «Рубин» (Ленинградское проектно-монтажное бюро «Рубин»), возглавляемого П. П. Пустынцевым, по поиску новых решений для ПКР и их носителей (ПЛ), способных эффективно сдерживать потенциального противника, по крайней мере до 1995 года.
Проектно-поисковые работы по новым системам велись в КБ-1 —ЦКБМ (заместитель начальника КБ