В монастыре имелись свои пороховых дел мастера, а стрельцы и пушкари селились в специальных слободах к западу и востоку от обители. В случае опасности жители посада уходили с семьями и имуществом за монастырские стены, сюда же свозилось достаточное количество провианта. Так случилось и тогда, когда к стенам Троице-Сергиевой лавры подступили полчища иноземных завоевателей, которых привели на русскую землю самозванцы.
Осада монастыря, отказавшегося сдаться «богоборцам», «темному державцу» и «латыне неверной», длилась год три месяца и двадцать дней. За время жестокой и тягостной осады защитники крепости проявили немалую самоотверженность и героизм.
Борьбу возглавили архимандриты Иосиф и Дионисий и келарь Авраамий. Они писали и рассылали по городам грамоты, призывая русских к сопротивлению и непокорности самозванцам. Поляки же рвались к монастырю, привлеченные его сказочным богатством и желая лишить Русь сильнейшей крепости и прославленной святыни, потеря которой, несомненно, подорвала бы сопротивление народа, его веру в победу.
Осадив крепость, поляки начали бомбардировку ее из шестидесяти трех орудий, длившуюся шесть недель. Но, несмотря на то, что осаждавших было тысяч пятнадцать, а «сидельцев» в шесть-семь раз меньше, попытки захватить крепость штурмом не увенчались успехом. Отчаявшись взять стены приступом, поляки вырыли подступной ров и повели от него подкоп под угловую Пятницкую башню. Подкоп доставил много забот осажденным. Долго не могли узнать его место, а когда, захватив пленного, разведали, что он ведется в направлении Пятницкой башни, внутри крепости, отсекая обреченную башню, было срочно возведено временное укрепление. Но, вероятно, мучительно было сидеть и ожидать взрыва, после которого не надейся на пощаду. Дело решила отважная вылазка осажденных, проникших за стены через проход около Сушильной башни и захвативших подступной ров, где находилось устье подкопа. Два клементьевских крестьянина Никон Шилов и Слота забрались в подкоп и, пожертвовав собой, взорвали его. Страшна была для осажденных зима. Смерть уносила в день до ста человек, однако весной, когда враги возобновили штурм, на стены крепости вышли все, кто остался в живых. Несмотря на «преступные козни и хитрости» опытного польского военачальника Сапеги, крохотный, истощенный и смертельно уставший гарнизон выдержал шестнадцатимесячную осаду, нанеся врагу существенный ущерб и потери. У стен монастыря лагерем стояло ополчение Минина и Пожарского, изгнавшее иноземцев из Москвы.
Вскоре после событий начала века в монастыре развернулось большое строительство. Одним из примечательных сооружений этого времени является церковь Зосимы и Савватия, шатер которой возвышается над корпусами Больничных палат. Сочетание двухэтажных зданий светского назначения с небольшой, окруженной открытыми папертями церковкой, украшенной зелеными изразцами, весьма живописно. Шатер церкви Зосимы и Савватия перекликается с шатром высокой Каличьей башни и вместе с неожиданной здесь сравнительно поздней Смоленской церковью-ротондой составляет группу, очень привлекательную своим прихотливым, постоянно меняющимся красивым силуэтом. Каличья башня получила свое название от калитки, через которую попадали в монастырь калики и прочий простой люд. Башни ограды Троицкого монастыря не поражают разнообразием или особенной декоративностью форм, они служили прежде всего боевому делу, и первые строители их не заботились особенно о внешнем блеске. По углам ограды стоят восьмигранные, почти круглые, а в пряслах стен встроенные четырехугольные башни. По южной стене стоят Пятницкая, Луковая и Водяная, по западной — Пивная, неузнаваемо перестроенная Келарья и Плотничья, по северной — упоминавшаяся Каличья, Звонковая и Житная, по восточной — Сушильная и Красная, под которой находятся Святые ворота. Названия башен рассказывают об их назначении или о месте, с которым они непосредственно связаны. Так, Луковая башня получила свое название от расположенного у ее подножия лукового огорода. Угловая Житная башня, самая нарядная из всех, увенчанная высокой ажурной башенкой поздней пристройки и украшенная белым камнем, называется еще Утичьей. Это необычное название пошло, как говорят, от охотничьих забав юного Петра, стрелявшего с башни уток в пруду во время своего вынужденного сидения в монастыре.
Судьба Троицкой лавры была тесно связана с судьбой Москвы, и события, совершавшиеся в русской столице, немедленно отражались на жизни монастыря. Во время «хованщины» — восстания стрельцов 1682 года, использованного в своекорыстных целях князем Хованским, посягавшим на престол, за стенами монастыря укрылась царевна Софья с еще малолетними царями Иваном и Петром. В селе Воздвиженском были казнены Хованский и его сын Андрей. Спустя короткое время в этом же селе сама Софья бесплодно ожидала разрешения приехать в Троицкий монастырь, где укрылся Петр от восстания, поднятого возмущенными стрельцами.
К Троице пришли потешные петровские полки, составлявшие по тому времени весьма солидную силу. Когда восстание было ослаблено и заглохло, Петр вернулся в Москву во главе верных ему полков и дворянского ополчения.
Побывать у Троицы считалось святой обязанностью каждого. Сюда стекались тысячи богомольцев, сюда ехали пестрые боярские возки, сюда же направлялись пышные царские поезда. Адольф Лизен, бывший в 1675 году секретарем австрийского посольства в Москве, с восхищением описывает такой царский выезд, поразивший его великолепием, богатством и блеском.
Но часто богомольцы шли к Сергию пешком, проделывали этот путь и цари, и дорога от Москвы до Сергиева посада в названиях своих мест и деревень хранит память старины.
В лавре бывали «гости беспрестанно день и ночь». Это отразилось и на характере монастырского строительства. Конец семнадцатого века отмечен сооружением в обители двух огромных полусветских зданий — Трапезной и Чертогов.
Когда смотришь на огромную и пеструю Трапезную палату, не сразу замечаешь в ее восточной стороне небольшую церковь Сергия, настолько все здание подчинено иной, не церковной идее. В огромном светлом зале Трапезной происходили парадные обеды, здесь по приезде, после обедни, государь обычно угощал «от себя» братию.
В подклетки Трапезной располагались различные хозяйственные помещения и поварня. Над подклетью идет широкая балюстрада, вероятно, в прошлом украшенная статуями. Пестрая, очень декоративная окраска стен, витые колонны портиков, широкие лестницы, ведущие на второй этаж, делают здание импозантным и отвечающим своему праздничному назначению.
Громадный прямоугольник Чертогов выступает из глубины сада. Этот дворец предназначался для «пиршествия великих государей». Он был еще наряднее, когда по второму этажу его окружала галерея, на которую вели два высоких крыльца. Сейчас от прошлого великолепия сохранились лишь недавно восстановленная окраска в шашечку да прекрасные двойные окна, обрамленные по фасаду красивым изразцовым ковром.
Первое, что встречает подъезжающего к нынешнему Загорску, и последнее, что его провожает, в какую бы сторону он ни ехал, это очень высокая, удивительно стройная и воздушная колокольня Троицкой лавры. Вертикаль прозрачной колокольни композиционно завершает лаврский городок, являя собой ось, вокруг